L’Institut est administré par un Conseil d’Administration qui regroupe 18 membres maximum, tous bénévoles, dont la composition est paritaire : la moitié de ses membres est, en effet, constituée par des représentants des professions médicales ou paramédicales.

Un bureau assure la gestion des affaires courantes, par délégation du Conseil. Le directeur (médecin) assure le fonctionnement des services, représente l’Institut à l’extérieur, participe aux différentes instances de gouvernance. Il est force de proposition pour l’élaboration et la mise en oeuvre du projet associatif ; il est le garant du projet médical.

À noter que l’Institut dispose d’un siège de titulaire et de suppléant au sein du Conseil Territorial de Santé (CTS).

Il fait également partie de la CPTS Rouen Coeur Métropole, de l’APSAR+ et du réseau des Maisons Sport Santé de la métropole de Rouen.