L’Institut est administré par un Conseil d’Administration qui regroupe 18 membres maximum, tous bénévoles, dont la composition est paritaire : la moitié de ses membres est, en effet, constituée par des représentants des professions médicales ou paramédicales. Les administrateurs sont investis dans des commissions internes : formation médicale continue, le magazine…

Un bureau assure la gestion des affaires courantes, par délégation du Conseil. Le directeur (médecin) assure le fonctionnement des services, représente l’Institut à l’extérieur, participe aux différentes instances de gouvernance. Il est force de proposition pour l’élaboration et la mise en oeuvre du projet associatif ; il est le garant du projet médical.

À noter que l’Institut dispose d’un siège de titulaire et de suppléant au sein du Conseil Territorial de Santé (CTS).